依據微生物實驗室的安全性規定和應用規定，要有別于一般的實驗室工程項目或潔凈工程。關鍵運用于微生物學、生物醫學工程、細胞生物學、臨床實驗、基因重組及其醫療器械等科學研究應用的實驗室通稱微生物潔凈實驗室。院內感染實驗室由主實作用驗室與別的實驗室及功能用地構成。院內感染實驗室務必確保生命安全、環境安全管理、廢料安全性和樣版安全性，能長期性而安全性地運作，另外還為必須實驗室工作員出示一個舒服、而優良的辦公環境。

微生物潔凈實驗室主潔凈實驗室開創一區，分配在實驗室的靠右邊角落處。用氣密門限定工作人員的出入，把有潔凈規定的屋子設定在工作人員影響少的地區，把輔助屋子設定在外界。考慮到微生物實驗操作步驟，把檢驗室與刷洗消毒室和塑造室鄰近，便捷人工流產與貨運物流的分離出來。

微生物潔凈實驗室分成一級、二級、三級、四級，習慣性上稱之為P1、P2、P3、P4。二級院內感染實驗室對身體、動物與植物或自然環境具備中等水平傷害或具備潛在性發病因素，對身心健康成年人、小動物和自然環境不容易導致嚴重威脅，具備合理的防止和治療措施。